Руководящими органами Союза являются:

- съезд;

- координационный совет Союза;

- президиум Координационного совета Союза;

- секретариат Координационного совета Союза;

Высшим руководящим органом Союза является съезд, который созывается Координационным советом не реже одного раза в пять лет.

Съезд образует по принципу прямого представительства Координационный совет из представителей – членов Союза.

Съезд избирает президента, вице-президентов Союза, первого секретаря, секретарей Координационного совета Союза, ученого секретаря президиума Координационного совета, президиум Координационного совета, секретариат Координационного совета Союза.

Съезд создает научно-технический совет Союза.

Координационный совет руководит деятельностью Союза в период между съездами.

Пленумы Координационного совета созываются по мере необходимости, но не реже одного раза в год.

Координационный совет подотчетен съезду и конференции Союза.

Президиум Координационного совета решает вопросы, связанные с практической деятельностью Союза в период между пленумами Координационного совета.

Президиум Координационного совета проводит свои заседания по мере необходимости, но не реже двух раз в год.

Секретариат Координационного совета Союза руководит текущей работой, координирует деятельность постоянных комиссий, организует исполнение принятых решений, руководит работой штатного аппарата, реализует имущественные права и обязанности Союза, выполняет другие функции, делегированные ему Координационным советом и его президиумом.

С февраля 2002 года президентом РосСНИО является академик Российской академии наук, научный руководитель Института радиотехники и электроники РАН Юрий Васильевич Гуляев.

Президент РосСНИО:

Гуляев Юрий Васильевич

академик РАН, лауреат Государственных премий СССР и РФ, научный руководитель Института радиотехники и электроники РАН

Вице-президентами РосСНИО избраны:

Алдошин Сергей Михайлович

академик РАН, член президиума РАН, вице-президент Российской академии наук, научный руководитель Института проблем химической физики РАН

Александров Анатолий Александрович

доктор технических наук, профессор, президент Ассоциации технических университетов, президент МГТУ им. Н.Э. Баумана

Александров Владимир Леонидович

доктор технических наук, профессор, почетный президент Российского НТО судостроителей имени академика А.Н. Крылова, Герой России, директор Института морской техники и технологий СПбГМТУ

Друкаренко Сергей Петрович       

кандидат технических наук, государственный советник Российской Федерации 1 класса, первый секретарь РосСНИО

Жураковский Василий Максимилианович

доктор технических наук, профессор

Иванов Владимир Викторович

член-корреспондент РАН, член президиума РАН, заместитель президента Российской академии наук

Каблов Евгений Николаевич

академик РАН, д.т.н., профессор, член президиума РАН

Кульчин Юрий Николаевич

академик РАН, д.ф.-м.н., профессор, член президиума РАН, вице-президент Российской академии наук, председатель Дальневосточного отделения РАН

Леонтьев Леопольд Игоревич

академик РАН, доктор технических наук, профессор

Тестоедов Николай Алексеевич

академик РАН, д.т.н., профессор, член Красноярского краевого Союза научных и инженерных общественных организаций (объединений), заместитель председателя Сибирского отделения Российской академии наук

Секретарями Координационного совета РосСНИО избраны:

Друкаренко Сергей Петрович

кандидат технических наук, государственный советник Российской Федерации 1 класса, первый секретарь РосСНИО

Алексеев Николай Григорьевич

секретарь КС РосСНИО, заместитель председателя правления Московского Союза НИО 

Сафронова Галина Ивановна

секретарь КС РосСНИО, председатель исполнительного комитета Смоленского областного Союза научных и инженерных организаций